Selama abad ke-15 dan 16, Morotai berada di bawah pengaruh Kesultanan Ternate yang berkuasa. Merupakan inti sebuah kawasan besar bernama Moro yang termasuk pulau dan pesisir Halmahera yang dekat dengan Morotai ke selatan.
MOROTAI,…pulau kecil di ujung Maluku Utara juga menyimpan cerita sejarah Perang Dunia II yang penuh misteri. Letaknya yang strategis membuat sekutu menjadikannya sebagai pangkalan militer terbesar di wilayah Pasifik
Pulau ini menjadi lapangan terbang bagi Jepang selama PD II. Pulau ini diambil alih oleh angkatan Amerika Serikat pada September 1944 dan digunakan sebagai landasan serangan Sekutu ke Filipina pada awal 1945 serta ke Borneo timur pada Mei dan Juni tahun itu. Merupakan basis untuk serangan ke Jawa pada Oktober 1945 yang ditunda setelah penyerahan diri Jepang pada bulan Agustus.
Ribuan pesawat tempur, kapal perang, dan kendaraan tempur lainnya ditempatkan untuk menghalau tentara kekaisaran Jepang. Kini, jejak pertempuran tersebut telah hilang dijarah oleh keserakahan manusia. Beberapa masih tersisa terbenam di dasar lautan.
Sebagai bagian dari Provinsi Maluku Utara, ia merupakan salah satu pulau paling utara di Indonesia. Kabupaten Pulau Morotai diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri Indonesia, Mardiyanto, pada 29 Oktober 2008, sebagai hasil pemekaran dari Kabupaten Halmahera Utara.
